Sodyum Dodesil Sülfat, Hücre zarında protein protein, protein lipit etkileşimlerini parçaladığı için zar proteinlerinin çözülmesinde kullanılan bir biyolojik deterjandır. Preparatif saflaştırmada, büyük miktarda saflaştırılmış protein üretimi hedeflenir. Bu tür proteinlerin örnekleri arasında enzimler, gıdasal proteinler ve bazı biyofarmasötikler sayılabilir. Analitik saflaştırmada ise bir protein nispeten küçük miktarlarda, araştırma ya da analiz amaçları için üretilir. Bu tür amaçlara örnek olarak, protein kimliklemek, nicelemek ve onun yapısını, çevrim sonrası değişimleri ve işlevleri üzerinde araştırma yapmak sayılabilir. Üreaz ve pepsin enzimleri, kristalize edilebilecek derecede saflaştırılan ilk proteinler olmuştur.

Sodyum dodesil sülfat: Bir saflaştırma işleminin tasarımındaki en temel seçim, başlangıç malzemesidir. Bir bitki ya da hayvanın gövdesinde belli bir protein homojen biçimde dağılmış olmaz; proteinin konsantrasyonu değişik organ ya da dokularda daha az ya da daha çok olabilir. En yüksek konsantrasyona sahip doku ya da organın kullanılması, saflaştırma işlemini daha verimli kılar, çünkü belli miktarda saf protein elde etmek için gerekli hacim daha az olur. Eğer protein düşük miktarda mevcutsa ya da ekonomik değeri yüksek ise bilim adamları rekombinant DNA teknolojisi kullanarak istenilen proteini yüksek miktarda üretecek hücreler geliştirebilirler. Rekombinant ekspresyon sayesinde protein, saflaştırılmasını kolaylaştıracak biçimde işaretlenebilir, böylece saflaştırma daha az sayıda adımla olabilir. Ayrıca, rekombinant ekspresyonda istenilen proteinin oranı, doğal kaynaklardakine kıyasla daha yüksek miktarda olur.

Proteinleri saflaştırmak için kullanılan yöntemler kabaca analitik ve preparatif metotlar olarak ayrılabilir. İkisi arasındaki fark, kullanılan metotla ne kadar protein üretilebildiğine bağlıdır. Analitik metotlarda, bir karışım içindeki protein tespit edilip, miktarının belirlenmesi hedeflenir; preparatif metotlarda ise başka amaçlar için bir proteinin büyük miktarda üretilmesi hedeflenir. Genelde, preparatif metotlar analitik amaçla da kullanılabilir lakin bunun tersi doğru değildir.

Protein saflaştırması için çeşitli metotlar mevcuttur ve genelde bunlardan birkaçının kombinezonu neticesi kullanılır. İlk defa saflaştırılacak bir protein halinde bunlardan hangisinin uygulanacağı, kısmen deneme yanılma suretiyle belirlenir. Alternatif metotlar arasında karar verilirken göz önünde tutulan faktörlerden bazıları, malzemelerin masrafı, harcanan zaman ve elde edilen proteinin kalitesidir.

Bazı hallerde bir doku veya hücrenin parçalanarak istenen bir proteinin çözelti içine sokulması gerekir. Bu hedefe ulaşmanın birkaç yolu vardır: Tekrarlı dondurma ve eritme, sanikasyon, filtreleme, yüksek basınçla homojenizasyon veya organik çözücülerle hücre zarının geçirgenleştirilmesi gibidir. Seçilecek metot, proteinin ne derece hassas olduğu ve hücrelerin ne derece sağlam olduğuna bağlıdır. Bu özütleme safhasından sonra çözünür proteinler çözelti içine girerler. Hücre zarı DNA ve diğer hücre bileşenlerinden santrifüjleme vasıtasıyla ayrıştırılabilirler. Bu safhada hücrenin proteazları da çözeltiye karışıp, diğer proteinleri sindirmeye başlayabilirler. Eğer saflaştırılacak protein bu proteazlar tarafından parçalanmaya duyarlıysa, bu işlemin hızla tamamlanması ve özütün soğuk tutulması tercih edilir.